การเดินทางในเมืองมีรถโดยสารประจำทางชื่อ "ไซไรด์" (CyRide) โดย ไซ เป็นชื่อสัญลักษณ์ทีมกีฬาของมหาวิทยาลัยไอโอวาสเตต โดยมีรถเมล์วิ่งในเมืองทั้งหมด 8 สาย และรถเมล์วิ่งวนในส่วนมหาวิทยาลัยอีก 4 สาย

การเดินทางระหว่างเมืองใช้ทางหลวงหลัก 2 เส้น คือ อินเตอร์สเตต 35 และ ทางหลวงสหรัฐ 30 ถึงแม้ว่าเมืองจะมีทางรถไฟผ่านกลางเมืองแต่มีเฉพาะรถไฟขนส่งสินค้าเท่านั้น ไม่มีรถไฟโดยสาร ในเมืองมีสนามบินขนาดเล็กตั้งอยู่ทางทิศใต้ของเมือง โดยไม่มีเครื่องบินพาณิชย์เช่นกัน การเดินทางทางรถไฟหรือเครื่องบินมาที่เมืองเอมส์จำเป็นต้องเดินทางไปที่เมืองดิมอยน์ ห่างออกไป 50 กม. และเดินทางทางรถยนต์ต่อมาที่เมืองอีกทีหนึ่ง